دکتر سید جواد الخوئی در سال ۱۹۸۰ در نجف، عراق متولد شد. وی نوه رهبر برجسته حوزه علمیه و مرجع عالیقدر شیعیان، امام سید ابوالقاسم الموسوی الخوئی است.
دکتر الخوئی در سال ۲۰۱۷ مدرک دکترای خود را در رشته فلسفه و عقیده اسلامی از دانشکده دعوت و اصول دین در دانشگاه جهانی علوم اسلامی و آموزش در امان دریافت کرد.
وی در حال حاضر به عنوان دبیرکل مؤسسه الخوئی و استاد کرسی یونسکو در توسعه مطالعات گفتوگوی بین ادیان در دانشگاه کوفه فعالیت میکند. او در نهادهای علمی، فرهنگی و فکری متعددی که بر گفتوگوی ادیان و همگرایی مذاهب اسلامی تمرکز دارند، مشارکت دارد. علاوه بر این، دکتر الخوئی از اعضای بنیانگذار شورای گفتوگوی بین ادیان عراق است.